De grondslag van het Protestants-Evangelisch Godsdienstonderwijs (PEGO) is de Bijbel, het door de Heilige Geest geïnspireerde Woord van God. Toegepast op het onderwijs worden volgende uitgangspunten gehanteerd:

Geloof en kerk
Het geloof zoals het beleden wordt in de vroegchristelijke belijdenisgeschriften en gezien in het licht van de Reformatie heeft de Bijbel als grondslag.
Dit geloof impliceert een relatie met God, het navolgen van Jezus Christus en het aannemen van een bijbelse leer. Het geloof is belangrijk voor heel het leven, dus ook voor opvoeding en onderwijs.
Het PEGO erkent en respecteert de verschillende protestants-evangelische geloofsopvattingen. Het komt niet in de plaats van kerkelijk onderricht of catechese. Beide vormen zijn complementair.

Mens, schepping en maatschappij 
Elk mens is uniek en waardevol, geschapen naar Gods beeld tot een leven in relatie met God en de medemens. Zijn opdracht is rentmeester te zijn van Gods schepping. Door de zonde is de relatie met de Schepper verstoord, maar in Jezus Christus biedt God verlossing en herstel aan. In de gebroken schepping is de christen geroepen om op een positief kritische en constructieve wijze deel te nemen aan het maatschappelijk leven en zo daarin tekens van Gods koninkrijk op te richten. De uiteindelijke bestemming van de mens is deelgenoot te zijn van dit koninkrijk.

Onderwijs en opvoeding
De verantwoordelijkheid voor de opvoeding berust principieel bij de ouders. Het onderwijs in de plaatselijke gemeente en het protestants-evangelisch godsdienstonderwijs dienen de opvoeding kritisch te ondersteunen.
Het protestants-evangelisch godsdienstonderwijs wil kinderen en jongeren helpen bij hun groei naar volwassenheid, hun identiteitsontwikkeling en maatschappelijk functioneren en het vinden van antwoorden op levens- en zingevingsvragen.